4月2日，全新《游戏王》动画即将启动！这次的故事围绕18岁的新主角展开，他的目标是集齐六张（原本是五张）龙卡。故事发生在武藤游戏时代数十年后的童实野町，这里已经演变成了一个阶级分明的未来都市——新童实野市。主人公不动游星驾驶着进化版的决斗盘D轮摩托，努力从下层区向上层区进发。 游星的目标是夺回被骑乘决斗冠军杰克·阿特拉斯夺走的珍贵卡片“星尘龙”。在决斗竞技场中，游星与杰克展开了对峙。两人各自的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开了激烈的对决。在这场二龙之战中，神秘的红龙突然出现，并在游星的手臂上留下了龙之印。由此，游星的命运被龙之印引导，新的冒险就此展开。他为了朋友而战，前方等待他的将会是什么？龙之印又会带来怎样的命运？ 故事设定在《游戏王GX》后的几十年，决斗盘进化，骑乘决斗风靡一时。在5D'S的时代，摩托竞速与卡片游戏结合的骑乘决斗大受欢迎，观众们也为之疯狂。新怪兽不断登场，新动画充满了各种决斗场面，前所未见的怪兽们活跃其中。 在《游戏王5D’S》中，卡片规则也有所变化，新增了白色同调怪兽卡。这种卡片放在额外卡组中，当场上的协调怪兽和其他怪兽的等级合计与同步怪兽的等级吻合时，可以进行特殊召唤。故事的舞台设在武藤游戏时代数十年后的童实野市，现称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层和下层的阶级社会。这里流行着使用“D轮”摩托车型决斗盘进行的“骑乘决斗”。 不动游星在新童实野市的下层地带“卫星区”与同伴们一起生活。因最重要的卡“星尘龙”被骑乘决斗的KING“杰克·亚特拉斯”偷走，游星逃出卫星区，誓要夺回卡片。在Duel of Fortune Cup篇中，游星与杰克在Stadium进行了骑乘决斗。战斗中，两人的手臂突然出现印记，神秘的红龙现身。治安维持局长官雷克斯得知此事后，将游星的同伴扣为人质，迫使他参加“Duel of Fortune Cup”大赛，胜者可挑战KING杰克。在大赛中，游星、超能力决斗者十六夜亚纪、天才决斗少女龙可、以及杰克四人都觉醒为“红龙的龙印者”。最终，游星在与杰克的决斗中胜出，成为新的决斗王。 暗印者篇揭示了Fortune Cup是为了集合龙印者而举办的。与此同时，一群名为“暗印者”的决斗者开始行动，他们能进行真实伤害的“黑暗决斗”，并使用“黑暗同步”战法，背后还有“地缚神”操控。游星以建造连接卫星区和都市区的代达罗斯桥为条件，前往卫星区阻止“暗印者”的计划。 WRGP篇中，与“暗印者”之战半年后，连接卫星区和都市区的桥梁终于完成，界线消失。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了高速世界2，世界大赛“WRGP”即将开幕。游星等人组成“5D'S队”参赛。然而，新的威胁悄然来临——神秘组织“太一”的三皇帝出现，使用能吸收同步怪兽的“机皇帝”企图毁灭童实野市，市区上空不时浮现不祥的黑影。双方在大赛决战相遇，这场战斗的胜负将决定童实野市的存亡。 弧线摇篮篇中，虽然阿波利亚被打败，但带来毁灭的黑影“弧线摇篮”还是出现了，童实野市危在旦夕。主使这一切的“Z-ONE”终于浮出水面，他来自被破灭的未来，想要毁灭灾祸的源头童实野市以改变未来。游星等人不认同他的做法，登上“弧线摇篮”与“Z-ONE”展开最后的决战。最终，Z-ONE被游星击败，弧线摇篮消失，游星拯救了童实野市，平安归来。 后日谈中，Z-ONE被打败数年后，游星等人的故事继续。现在看到的剧情是在Z-ONE介入改变历史后的情况。原本的历史中，暗印者是最终BOSS，没有WRGP存在。之后，游星与同伴参加各种国际大赛，在不断的磨炼中领悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成为引领人类进化新时代的传奇人物。然而，未来人类因过快进化滥用同步而欲望膨胀，招致毁灭。Z-ONE为改变这一切，介入过去改变了历史，故事才有了现在的情况。