自从公元20XX年，人类从肯尼亚的图尔卡纳湖边挖掘出一个名为索哈尔(Zohar)的物体后，便开始对其展开研究。随之，有人复原出了所谓的“神之语言”，并开发了电脑程序以启动原始索哈尔，进行与上位领域的U-DO（上位领域中的红色波动存在）连接的实验。不幸的是，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象的转变，使地球（游戏中称为“失落耶路撒冷”）几乎从宇宙中“消失”，导致人类被迫逃往他处，离开地球。经过约四千年后，即在故事开始前十五年的T.C.4753年，米尔奇亚星球(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件。在此事件中，米尔奇亚星球的居民疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的袭击，并在冲突后消失，然而事件的真相由于米尔奇亚的消失而不为人知。事件之后，启动原始索哈尔（后来人类制造了十二个索哈尔模拟体，因此最初的索哈尔被称为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.坐标等信息，都被封存在Y资料中，而Y资料又被存入百式观察用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识中。这样的举措引发了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府（游戏中治理各行星的政府，英文名Galaxy Federation）雇佣了一名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保证M.O.M.O.的安全。与此同时，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，大约在游戏EPI开始时，最大的公司贝克达公司以对抗格诺西斯侵袭为名，启动了针对格诺西斯使用的战斗兵器KOS-MOS的研发计划。不过，与当时普遍使用合成人(Relian)和生化人(Cyborg)的情况不同，KOS-MOS是一种纯机械的产品。在EPI开篇时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究员卯月紫苑，正搭乘当时载有尚未正式启动的KOS-MOS的Woglinde号飞船进行旅行。然而，一场格诺西斯冲着索哈尔而来的袭击让飞船遭受攻击，而KOS-MOS也在此时意外启动，卯月紫苑因此被卷入一连串关于格诺西斯和索哈尔的阴谋，以及足以改变人类命运的事件中......