在明朝嘉靖年间,东南沿海频遭倭寇入侵,他们烧杀抢掠,无恶不作。兵部二品侍郎朱纨(刘永 饰)受命前往浙江抵御倭寇,内务府总管太监王顺随行监督。不料,朱纨在赴任途中遭遇倭寇伏击,幸得定海镇台周将军(杨子 饰)及时率兵相救,才顺利抵达任上。没过多久,周将军在护送畲寨土司进贡的千年灵芝时,再次遭遇倭寇袭击,幸亏盐贩曹顶(吴奇隆 饰)出手相助,才逃过一劫。朱纨听闻此事后,决心将曹顶招入军中,共同抗击倭寇。曹顶成为将领后,与倭寇激战中,结识了女扮男装的畲寨郡主阿珠(黄奕 饰)。原来土司受重伤不治,临终前嘱托阿珠协助曹顶共同抗倭。
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