2285年，联邦星舰进取号在与可汗的战斗中受损后，返回地球太空港进行维修。柯克正沉浸在失去斯波克的悲痛之中。麦科伊医生表现出一系列异常行为，例如擅自闯入被封锁的斯波克的原舱，并神志不清，最终被送进医院接受精神评估。斯科提被调派到另一艘联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对创世星设立了禁入区。柯克得知进取号即将退役。斯波克的父亲沙瑞克找到了柯克，告诉他斯波克的遗体必须带回瓦肯星，否则他的灵魂无法安息。沙瑞克要求柯克重返创世星，找回斯波克的遗体，并将其带回瓦肯星——因为斯波克与麦科伊进行过心灵融合，因此携带斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。然而，星际舰队拒绝让老旧的进取号离开太空港。出院后的麦科伊听闻此事，尝试招募一艘飞船返回创世星。在与他人争执时被捕，但这并没有妨碍全盘计划的进行。在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下，麦科伊成功逃脱，并与队友们一同登上废弃的进取号。为避免追捕，斯科提还毁坏了精进号的引擎。六名同伴冒着毁掉毕生事业的风险，驾驶进取号驶向创世星。此时，克林贡人得知了创世计划和创世星的相关信息。担心联邦会将其转变为一种新型武器，克鲁格船长指挥一艘克林贡猛禽战舰，企图夺取或摧毁这一战略性武器。联邦星舰葛瑞森号上的戴维·马库斯博士与莎维可上尉，在创世星轨道上进行科学观测。他们很快在地面上发现了生命迹象，出于好奇，他们传送至星球表面，并找到了斯波克空无一物的遗体。根据生命形式的读数，他们发现了斯波克年幼的活体：成长速度极快，但缺乏意识和灵魂。就在此时，克林贡人也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号，并抓获了莎维可、马库斯和年轻的斯波克作为人质。不久之后，进取号也到达了穆塔拉星区，迅速遭到克鲁格和他的克林贡战士的攻击而瘫痪。由于克林贡人威胁要杀害人质，柯克使用了一计，但未能成功，戴维·马库斯被克林贡人杀害。无奈之下，柯克只得向克林贡人投降。为了扭转局势，柯克冒险启动了进取号的自毁程序。随后，进取号的船员传送到了创世星，目睹进取号在闪光中被毁，同时也消灭了克鲁格的大部分战士。最终，柯克与团队从克林贡人手中救出了斯波克和莎维可，并在与克鲁格的对峙中将其击毙。由于创世星的独特力量，斯波克的遗体得以重生，并随着星球衰老的速度迅速成长。当他们从不稳定的创世星撤离时，斯波克正好恢复到死前的年龄。登上夺来的猛禽舰后，创世星开始剧烈爆炸。在沙瑞克的护佑下，猛禽舰到达瓦肯星。经过危险的“浮图邦术”仪式，斯波克的灵魂从麦科伊的意识中回到自己体内。仪式最终成功，复活的斯波克试图重新记起他的过去和朋友。他询问进取号的船员，为什么冒着生命和事业的危险来救他；柯克告诉他，有时需要“牺牲小我，成全大我”。