在大正十二年的这个夜晚，东京被夜色笼罩，一些神秘的身影若隐若现。他们是隐匿于黑夜中的吸血鬼，自远古时代以来便在此世间潜行。为了管理这些生物，陆军内部创建了一个特别的团队，第十六特务队，也被称为「零机关」。这个部队由中岛中将设立，原本是为了对抗来自现代化列强国家的情报威胁，而如今零机关的主要职责已成为处理潜藏在东京的吸血鬼事件。负责此任务的是被称作最强人类的前田义信大佐，还有国内最高等级的吸血鬼，也是组内新成员的栗栖秀太郎，智勇双全的山上德一，活跃自江户时代至今的须和（暂译，原文スワ），以及狂热于保持大脑不老的科学家竹内（暂译，原文タケウチ）。——以上人士共同构成了零机关的行动小组。随着吸血鬼数量的增加及他们暗中活动的迹象显露，一种神秘的人工血液引起了人们的注意，同时，冷眼旁观这些事态的发展的是一位外表如孩童但实际年龄已超过300岁的S级吸血鬼戴夫罗特（暂译，原文デフロット）。零机关在大正时代充满魅力的夜晚中依然继续他们的使命。