在公元2010年，一场全球范围内的“超级飓风”对世界各国造成了巨大的损失。全球人口从80亿骤减到30亿，影响深远的经济和军事均衡也因此崩溃。北美、俄罗斯及北欧被冰雪覆盖，平原地区则被大海吞没，世界地图发生了翻天覆地的变化，进入了一个混沌时代。日本政府在多个地区设立经济特区，取得了一定的复兴，“力量辅助”技术的预先开发对这一复兴起到了巨大作用。然而，在特区之外，贫困问题日益严重，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转用于军事，并将贫困阶级称作“Levinas（孤立者）”，对他们进行排斥。时光飞逝，到了公元2035年，主角葛城丈脱离了“幻影”特殊部队，该部队曾用于监视“Levinas”以及镇压“Logos”内部叛乱。丈与伙伴鹤泽意外邂逅了一位神秘少女，名为登户沙那。围绕着沙那，各种人物的复杂思绪交织，故事情节也随之展开。究竟在他们三人的前方，有什么在等待着……