ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の紛争は、新たな局面を迎えようとしていた－－。E.U.を混乱に陥れたテロ組織「方舟の船団」。その背後にユーロ・ブリタニアの陰謀があることを見抜いたアキトたちは、敵の本拠地である大型飛行艇ガリア・グランデへと向かい、宿敵アシュレイとの激しい戦闘を繰り広げる。しかし戦いを見守るレイラだったが、アキトたちとの通信が突然途絶してしまう。懸命に通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城はユーロ・ブリタニアの攻撃を受ける状況に陥る。戦力も乏しく、兵士が欠如したレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが迫り来る。その圧倒的な攻撃力で威圧する！wZERO部隊が窮地に立たされる中、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが発生する。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に向けて宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを内包し、運命の歯車が回り始める！