在训练场上，一群两栖侦察兵正在专注于格斗训练，闪闪发光的匕首和震耳欲聋的呐喊声吸引了舰队子弟学校的三名男孩。带头的董海星翻墙而入，试图获取匕首，结果被一名海军军官“抓住”了。次日，白鸥老师向五年级二班的学生们介绍新来的辅导员梁驰涛，而董海星发现他正是那位“敌人”。某个晚上，熄灯号响过后，五(2)班男生宿舍的灯仍然亮着，一场“海战”正在激烈上演。辅导员梁驰涛走进“战场”，严厉地批评了这些违纪的“水兵”，受到处罚的董海星对梁驰涛的怨气更深了。董海星、谢潜和金宝贝自称为“特混舰队”的首领，自封为“将军”。有一天，他们在鲨鱼礁附近偶然听到一种奇怪的声音，“小将军”们决定弄清真相，并称这一行动为“鲨鱼行动”。他们用小录音机录下了海底的怪声，经过分析后推测是沉船发出的。上旗语课时，白老师把董海星的录音机没收了。在了解清楚情况后，梁驰涛将录音机归还给了董海星，三个“小将军”因此认为辅导员非常够意思，“仇恨”也开始消散。某天，“小将军”们再次来到鲨鱼礁，金宝贝自告奋勇潜入水中寻找沉船，但久久未浮出水面，董海星和谢潜大声呼救，梁驰涛闻讯赶来，跳入海中救起了金宝贝。“小将军”心中对梁驰涛产生了敬佩之情，而梁驰涛也对这几个小“顽皮蛋”充满了关爱。由于把全部精力都投入到“鲨鱼行动”中，董海星在期中考试时“触礁”了，他在考场上用旗语向金宝贝求救，结果被宁娜告发。董海星非常生气，三个“小将军”合力用一盆洗衣粉水“惩罚”了这个“女间谍”。在老师和辅导员的帮助下，“将军”们明白到，一个真正的男子汉需要珍惜友情，拥有大海般宽广的胸怀。梁驰涛即将离开五(2)班去执行新的任务，孩子们为此感到非常难过，绞尽脑汁想留住辅导员，但无济于事。孩子们满怀深情地唱着《水兵之歌》，送别了他们的“舰长”。授旗仪式隆重开始，五(2)班被表彰为“特混舰队”班，全班同学身穿水兵服，雄壮地站在导弹驱逐舰上，“特混舰队”的蓝旗在桅杆上高高飘扬。