接连发生了一连串神秘的罪犯死亡事件，那些作恶多端的罪犯相继倒下，人们开始把名为基拉的惩恶英雄视作救世主，而警方对此却毫无头绪。专研离奇案件的天才少年L推断，基拉极有可能身处日本，因此他从洛杉矶动身前往日本。在启程之前，L心中若有所感——或许这将是一段无法返回的旅程。L与基拉——夜神月之间的正面对决由此拉开序幕。与此同时，泰国的一个小村庄神秘地从地图上消失了。L尚未意识到，一场足以颠覆世界的巨大阴谋正在酝酿成形。L策划了一个可能以性命为代价的计划，试图彻底击败夜神月，然而，他的多年搭档渡却意外身亡。L决心利用自己仅剩的23天来完成渡未完成的任务。一架直升机送来了一箱属于渡的礼物，箱子里竟装着一个男孩——他是泰国村庄惨案中唯一的生还者。通过男孩携带的磁盘，L了解到案件涉及一种恐怖的杀人病毒。同时，少女真希带着父亲的遗物来寻找渡，她也是阴谋中的受害者之一。追踪的杀手已逼近，L带领两名孩子展开了一场逃亡。仅剩6天，L决定与幕后势力展开最终的对抗。