在解放战争接近尾声之际，西线的歼灭战即将迎来胜利。国民党西线部队的一个独立团借着夜色开始向西撤退。上级命令参与西部战役的某师移往东线，因此该师派遣了庄连长带领一支小分队，依靠当地军分区的协助，继续追击敌军。这支残余的国民党部队藏匿在黑山寺中静候命令，并且不少士兵感染了传染病。追击部队遵循上级指示，采取行动，他们的任务是“最大限度保护当地居民，减少我军伤亡，尝试劝降敌军并对其进行救治，以便后续甄别和整编”。庄连长得知当地有位名叫韦医生的人，他不仅支持共产党，而且医术高超，便去寻找他，但没想到敌人抢先一步将韦医生诱骗上山。随后，庄连长等人假扮成韦医生的助手进入寺院，与韦医生合作，一边治疗病患，遏制疫情蔓延，以防止影响当地居民，一边搜集坑道结构的信息。最终，我军成功控制了疫情，并通过坑道救出了希望脱离国民党的士兵。至此，国民党独立团残存势力占据的黑山寺恢复了平静，疫情没有扩散，特殊的剿匪和解救任务圆满收官。