狙击手比吉特堪称海军陆战队中的隐形王牌，他的座右铭是“一颗子弹，一个终结”。在他漫长且充满刺激的职业生涯中，他无疑已静默地结束了七十多条生命。作为美国海军陆战队中最具声望的狙击手，每当执行任务时，他总能精准无误地瞄准并果断地扣下扳机，以一发子弹穿越长空，夺去毒贩、战犯、刺客以及国家敌人的生命。然而，这一次，他的枪口却被逼迫对准了一位朋友……燕迹秦清。在《狙击手 2》事件之后，托马斯·贝克特（汤姆·贝伦杰饰）依然在艰难适应海军生活。他的上司拉拉比上尉（特洛伊·温布什饰）认为他年龄已高且过于顽固，不再适合继续服役。贝克特被邀请参加尼尔·芬尼根（肯·斯特鲁特克饰）的婚礼，而尼尔正是他挚友保罗·芬尼根的儿子。当年在西贡陷落前夕，保罗曾舍命搭救过他。由于无法亲临，贝克特读了保罗多年之前写给他的一封信。随后，他与保罗的遗孀西德尼（珍妮塔·阿内特饰）跳舞，西德尼在替他做X光检查时，告知他因神经损伤，手指肌腱会不自觉地抽搐，建议他为了健康考虑退休，并隐约暗示他们之间可能有进一步的关系。不久之后，贝克特被两名中央情报局官员召见——局长威廉·艾弗里（丹尼斯·阿恩特饰）以及副局长理查德·阿迪斯（威廉·达菲饰）。艾弗里告知贝克特，保罗·芬尼根的死讯是虚构的，他事实上还存活，并被CIA招募在西贡沦陷前从柬埔寨转运毒品。然而，芬尼根已经变得危险，成为一个代号“眼镜王蛇”的大型毒品及武器贩子，还组织了一批少年兵。他们藏匿于越南地下通道中。为避免梅尔和西德尼知道痛苦的真相，贝克特答应执行清除任务，条件是单独行动。贝克特途经胡志明市，与受美国国家安全局招募的越南警察全（拜伦·曼饰）见面。由于任务涉及私情，他拨打电话给西德尼，却忽略了时间差。贝克特努力表达西德尼和尼尔对他的意义。深夜时分，贝克特潜入康恩俱乐部，准备在芬尼根（约翰·道曼饰）喝酒时下手，却未能成功，而遭遇反狙击手攻击。他成功反击，却被越南当局拘留。在监狱隔壁的囚室中，他遇见了芬尼根，后者坦白自己因在丛林中生存而放弃家庭，也被所属机构遗弃。芬尼根借机炸毁警局后逃走，并帮助贝克特脱身。贝克特与全保持联络，请求援及撤退路线。任务的真相让贝克特产生怀疑，他决定探查芬尼根并揭开所有事实。穿越西宁旧隧道“沟渠”后，全不慎跌入芬尼根面前，被枪指着，然而最终真相浮现。芬尼根在为中情局工作期间曾与约翰·盖勒、比尔·艾弗里以及一位叫史蒂维·约克的美联社摄影记者被目击滥用毒品和屠杀平民。如今盖勒为竞选总统的得克萨斯州参议员，无法容忍过往被揭露，于是命令贝克特暗杀后自杀灭口，同时派另一狙击手监视，确保秘密不外泄。全则与芬尼根的部下拼斗，并顺利脱险。贝克特因忧虑全的安危，先行射伤保罗的一名少年兵，击毙了芬尼根。失去信仰的民兵选择投降，全协助贝克特撤离至柬埔寨边境。经历此事后，贝克特感到震撼和失望。