雨果和父亲大山居住在一个寻常的乡村，然而雨果却曾步入一个鲜为人知的奇幻之地，那就是一个与人类世界并行的奇妙空间——神秘世界。凡是普通人物踏入该地，三天之后都会转变为动物。据传，该神奇之地乃是神所创造，每年会有99只动物被挑选，成为此地的居民，族长则是一只奇特的动物，名叫啦啦，它是雨果的挚友。雨果自打记事起，便未见过自己的母亲。大山曾告知雨果，母亲常年在外从事科研考察。雨果深深思念母亲，常常给她写信。某天，雨果意外发现，她寄给母亲的信并未送出，而是被大山私自藏匿。雨果追问母亲的下落，大山无奈之下，道出了隐藏已久的真相。原来，雨果的母亲曾探索过神秘世界。为了寻找母亲的踪迹，雨果与大山再度踏上通往神秘世界的旅程。雨果的出现，为神秘世界带来了惊奇的一天。她与神秘世界里的挚友们再次相聚，族长啦啦的魔法进展迅猛，熊大叔则暗恋上了兼具美貌与武艺的原住民首领兰。好友们正沉浸在重聚的欢乐中，一只古怪的企鹅现身，它预言神秘世界即将覆灭，因为一条恶龙已经入侵了神的领地......