西暦2042年、未知の巨大生物「擬態獣」が突如として地球上に現れ、各国で開発された巨大ロボットたちとの壮絶な戦いが始まった。日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロットである猿渡ゴオは、「巨神戦争」と呼ばれるボス擬態獣との最終決戦で、パートナーであり恋人であったミラ・アッカーマンを失う。しかし、その代償に1人の少女の命を救っていた。その少女の名は葵杏奈である。人類はなんとか戦いに勝利し、5年の月日が流れた。しかし、世界各地にはまだ擬態獣の亜種が残っており、スーパーロボットたちとの戦いは続いていた。 17歳の高校生となった杏奈はゴオと再会し、恋に落ちる。そして、いつしか2人は結婚を決意する。だが、結婚式の当日、再び日本に擬態獣が出現。ゴオは式を途中で中断し、ゴーダンナーに搭乗して出撃する。しかしながら、杏奈は夫の帰りをただ待つだけの女性ではなかった。杏奈はゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に乗り込み、自身も擬態獣との戦いに身を投じるのだ！ 果たして、2人は無事に結婚できるのか？そして、世界の平和を守ることができるのか？