经过了漫长的十个世纪，终于在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本领养了一位义女，名叫唐井。令人惊讶的是，她正是天狗施莱德小禄崎的直系后裔。阿特姆施莱德向她传授了所有关于忍者的秘密。或许是因为地球科技的发展让他意识到自己可能很快就能返回太空，于是他将唐井指定为他的继承人，并揭示了他身为外星人的全部真相。 在地球上，阿特姆因为一些逃亡信息转移到了美国。很快，他便拿到了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为了纽约的最大资产家，财富无数。不仅如此，他还控制着整座城市的黑势力，甚至拥有全市最高的大厦。 与此同时，施莱德冷血地谋杀了身在美国的守护者——滨户良大师。所谓守护者是指那些在地球上崇尚并保护阿特姆流亡者的战士。滨户良曾多次请求天狗施莱德的五龙忍者裁判所协助他打败阿特姆施莱德；然而，裁判所认为他们只关心被封印的天狗，并认为施莱德是冒牌货，没有必要与其开战。这个决定惹怒了阿特姆施莱德。由于朋友的背叛，滨户良带着阿特姆流亡者们逃离了日本，但最终在美国被施莱德杀害。 命运的奇妙之处在于，滨户良的宠物鼠斯普林特幸运地从杀戮中逃脱。在纽约的下水道中，斯普林特和其他四只乌龟意外接触了由阿特姆制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就是我们熟知的新一代忍者神龟。斯普林特开始传授这些乌龟滨户良留下的忍者功夫和知识，希望他们有一天能为自己的主人复仇。 到了2003年的某一天，经过训练而渐显锋芒的忍者神龟们终于遭遇了他们的宿敌。施莱德试图说服神龟之一的李奥纳多为其效力，但失败了。施莱德的邪恶本性显露无遗，与神龟们展开了第一次战斗。在斯普林特的帮助下，神龟们最终合力将其击退。 不久之后，施莱德进行了复仇，并将李奥打成重伤。在朋友的帮助下，李奥得以逃脱。经过一段时间的休养生息，神龟们返回纽约，与施莱德展开了第二次较量。最终，李奥用腾古之剑砍下了施莱德的头颅，但事实证明那只是其机器外壳。神龟们失去了他们的父亲斯普林特的踪迹，代价高昂。 为了找回失踪的父亲，神龟们与阿特姆流亡者一族相识，并揭开了他们的历史。就在此时，施莱德再次出现。一番激战后，他露出了真实面目。眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，施莱德的千年复仇计划功亏一篑，恼羞成怒地要与神龟们同归于尽。最终，神龟们通过传送门成功逃脱，而施莱德则在一片爆炸声中彻底消失踪迹。