城市恢复宁静后，旧日的反派卷土重来，再度集结力量，并与外星邪恶势力朗格联手，企图统治地球。忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），以及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）携手抗击邪恶。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱后，他与狂热科学家巴克斯特·斯托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其笨拙助手猪面和牛头合作，策划了一个掌控世界的邪恶计划。在忍者神龟与史莱德及其同伙对抗的过程中，他们发现更具威胁的大反派格朗正是背后的主谋，神龟们将在宇宙级的强敌面前展开对决。