闇之书事件已经过去十年，高町奈叶、菲特·T·哈洛温和八神疾风踏入19岁，她们怀着深厚的友谊，为了各自的梦想而加入了时空管理局，并作为一流的魔导师活跃于其中。在此过程中，一个新的远古遗产“圣遗晶石”（レリック）被发现，同时也出现了以此为目标的神秘机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了及时应对这被称为“圣遗晶石事件”的新兴问题，八神疾风设立了一个专门处理与远古遗产相关任务的独立部队——“机动六课”。 时间追溯到四年前，昴·中岛在机场火灾中几乎丧命，幸亏奈叶及时出现而被救下。因为对奈叶这样如同自己理想模样的憧憬，昴在当晚的星空下立志成为管理局的魔导师。四年后，经历了各种考验，昴成功成为管理局的新晋魔导师，并与在训练校结识的伙伴蒂雅娜·兰斯特一起挑战魔导师的升格试验。在远处关注着这一切的，是相信两人将成为“机动六课”的未来之星而投以关切目光的疾风和菲特，以及奈叶。在三人注视之下，伴随着ReinForceII（统御之力zwei）宣告试验开始的声音，“StrikerS”的故事由此展开。