在东京西部，有一座庞大的“学园都市”。这座城市拥有约230万人口，其中约80%是学生，这里开设了特殊的超能力开发课程，学生们的能力被评为从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”六个等级。高中生上条当麻也是学园都市的学生之一。他拥有一种隐藏在右手的力量——一种可以消除任何异能之力，甚至神的恩赐的“幻想杀手Imagine Breaker”，因此被评为能力最低的“无能力”，过着充满不幸的生活。而他的学生生活，在暑假伊始因一位从天而降的白衣修女而发生了巨大变化。自从与这位逃离“魔法”世界的修女——“禁书目录茵蒂克丝”相遇后，上条便被卷入了各种各样的事件中。在解决由统治学园都市的“科学”一方及与茵蒂克丝有关的“魔法”一方引起的事件过程中，他的人际关系也逐渐拓展。继而，魔法方的最大宗派十字教罗马正教最终注意到了上条的存在……。似乎是为了回应魔法方的动向，科学方的学园都市也开始有所举动。同时，也有一群人开始反抗逐渐对立的世界格局。这些与上条产生关联，并因此大大改变命运的“英雄”们，他们勇敢地站出来面对这个世界，如同上条当麻曾经所做的那样。当科学与魔法第三次交织之时，故事将迎来重大发展！！