这是一部富含幽默元素的惊险科幻电影，情节围绕一家美国从事飞行器导航系统研究的实验室被非法团伙侵入展开。一项关于物体微型化的实验遭到了破坏，项目负责人奥兹博士在逃亡过程中，不慎将计划注入一只兔子体内的微缩飞行器注入了超市员工作杰克·迈克的体内。杰克有间歇性的高度兴奋症。回到家后，他不仅听见了自己体内传来的声音，还被神秘刺客追杀。原来，进入杰克体内的是导航系统实验中的微缩尖端飞行器，由“叛逆宇航员”塔克操控着在他的体内游荡。借助杰克的视网膜和神经系统，塔克不仅能与他交流，还引导他对抗身份不明的刺客。由于飞行器的氧气只能维持到第二天早晨9点，若想让飞行器和塔克恢复正常状态，必须找回被非法组织窃取的集成电路板之一。在塔克的指挥下，杰克开始寻找非法团伙。无意中，塔克“看到了”两个月前离开他的前女友莉迪娅。于是，他指挥杰克吸引她的注意，最终莉迪娅加入了他们的行动队伍。莉迪娅是一名新闻记者，最近了解到一个消息：一个名叫“牛仔”的惯偷目前被非法组织雇佣，目标很可能就是微缩的集成电路板。在接触中，莉迪娅惊讶于杰克对她的了解程度，而这种细致的了解只有曾亲密的塔克明白。果然，莉迪娅的猜测没有错。在了解真相后，塔克启用电子模拟系统，刺激杰克的面部神经，将他的容貌变成“牛仔”，从而得以见到非法组织的头目斯克雷蒙。然而，变化被斯克雷蒙识破，杰克和莉迪娅被绑架，幸亏杰克在混乱中成功夺回了斯克雷蒙手里的电路板。在实验室，即使塔克赋予杰克反抗的力量，他还是被斯克雷蒙注射了同样微缩的飞行器。两个飞行器在杰克的体内狭路相逢，经过激烈较量，塔克胜出，斯克雷蒙的飞行器在杰克强烈的胃酸作用下彻底销毁。这时，由于飞行器氧气储备濒临耗尽，塔克的复原希望已然危急。最终，杰克和莉迪娅火速赶到导航系统实验室，利用杰克夺回的放大集成电路板成功复原飞行器，不仅挽救了科学实验，还修复了塔克与莉迪娅之间岌岌可危的爱情。