惑星Ziにおいて、神々の怒りと称される大規模な地軸変動が発生し、それによりかつて繁栄していた高度な文明は壊滅しました。それから数千年が経過し、大変動を生き延びた人々は独自の文明を築き上げました。ゾイドは依然として人々にとって欠かせない存在であり、その供給は地中や海中からの発掘に依存していました。このような状況の中、ゾイド発掘を専門とし生計を立てる人々が現れるのは自然な流れでした。ミロード村に住むルージ・ファミロンもその一員であり、家族の仕事を手伝いながら穏やかに暮らしていました。ある日、近海に沈んでいた青いライガータイプのゾイドの発掘を手伝っていたルージは、見たことのない銀色のゾイドが村を襲撃するのを目撃します。とっさに青いライガー、ムラサメライガーに乗り込み、銀色のゾイドを撃退するルージ。しかし、戦闘で村のジェネレーターが破壊されてしまい、ルージはジェネレーターを修理できる職人を探す旅に出ることになります。