1999年，为追求“完美人类”的进化，由NEO（Next Environment Organization）发起了BESTMAN计划，但终以失败告终。试验将尊者ヤクスギ转变为拥有无限再生能力的カンケル（Cancer）。不仅如此，カンケル作为人类社会的敌人，其目标是彻底毁灭人类，但首先他必须摧毁一直守护人类的共生免疫体——ベターマン（Betterman）。当时在场的其他幸存者以蛋白质形式传播了カンケル存在的消息，引发了人类自毁的DNA程序，这种导致神秘疾病アルジャーノン，而该疾病的目的正是召唤人类的免疫体ベターマン。时间推进至2006年，此期间，NEO直属机构モーディワープ（Mode Warp）一直专注于アルジャーノン病的研究。在某次游乐园的大规模杀人事件调查中，原ヘッドダイバー（Head Diver）カクタス因アルジャーノン突然发作而被失控的游乐园机器人杀害。在关键时刻，17岁的高中生蒼斧蛍汰在一次非意外事故中登上了覚醒人1号，并击败了一团电线构成的机器人豆の木ドラゴン。然而，当巨型チカちゃん出现后，由于リンカージェル（Linker Gel）的使用达到极限，覚醒人停止了活动。在蛍汰和火乃紀性命危急之际，ベターマン现身击败了敌人…… 事件之后，蛍汰加入モーディワープ，驾驶覚醒人调查各种离奇事件，不时遭遇各种奇异未知生物（UMA）、机器人以及一些超能力者。在逐步调查中，他逐渐发现NEO直属的BPL（Biotechnology Provisions Laboratory），(株)超人同盟甚至モーディワープ本身都是“元凶之力”的一部分。事件真相也随之水落石出。最终，一场决定所有生命命运的终极决战在水与火的原始生命诞生之地展开……