在电影的开场，场景仿佛设定在一片辽阔的大森林之中。在这片森林里，一个叫Yukinari的男孩听到了紧迫的呼喊声。Yukinari是个在残酷社会中相对单纯的男孩，但这次经历可能会为他的生活带来深远的影响。当他进入森林时，他遇见了一位名叫Mika的女孩。Mika似乎是这片森林的守护者，并且与Celebi（雪拉比）关系密切。此时，伐木工人带来了威胁，而Yukinari将帮助Mika解除这些人的困扰。Mika向Yukinari解释了森林目前面临的危机，以及他们必须在有限时间内找到某个关键答案。就在此刻，Celebi突然现身，将他们带到了40年后的未来。在那个时代，他们遇到了我们的英雄Ash、Misty和Brock。此外，Ash和Yukinari之间似乎还有某种亲缘关系。同时，火箭队的成员之一，Bisashu，也在不遗余力地寻找Celebi。这个戴着金属头盔的男人站在黑色悬崖的一角，露出一种怪异的眼神。Ash和Yukinari主动出击，与Bisashu展开较量，力图保护Celebi。就在这时，神秘的口袋妖怪Suicune突然出现。据说这只神奇生物拥有令人畏惧的强大能力……