在代欧奇希斯（以下简称代欧）转变成防御形态并与裂空坐展开激烈战斗的同时，拉鲁斯市的广播系统向市民们发出紧急避难通知。市民们在听到广播后迅速开始疏散。代欧随即转变为攻击形态，并向裂空坐发起攻击。广播不断地提醒大家这不是演习，而小超在逃亡的人群中，对代欧为何还活着感到困惑。当他在避难过程中遇到一只难过的正电拍拍时，小超虽然最初被神奇宝贝吓到，但迅速镇静下来，准备帮助被困在垃圾桶中的负电拍拍。小超打开垃圾桶盖，负电拍拍迫不及待地冲了出来，小超被吓得想逃走，然而此时小卡比兽也从垃圾桶里冒了出来，吓得小超晕倒。随后，小智赶来发现小超昏倒，用尽方法想要叫醒他。小超苏醒后却不满小智多管闲事（此时背景中的小卡比兽正在捡垃圾吃）。 小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性以及两位双胞胎女生随后到来，小智催促小超快点逃生。就在他们准备行动时，一束死亡之光射到他们附近的地面，大家被吓得魂飞魄散！稍微定下心神后，小超告诉大家有一个安全的避难地点，便带领他们前往。他带领众人来到他之前去过的玻璃温室植物园。然而，小超刷卡进门时，发现读卡机失灵，门打不开了。正太自告奋勇，用力将门扳开，大家为他的英勇喝采。阿隆则用轻蔑的语气问小智为何仍留在拉鲁斯市，讽刺他惨败后应该早回老家去。小智生气地表示要再与阿隆比试一场，小遥劝阻说现在不是时候，可是一旁的双胞胎女生却煽风点火，声称她们的哥哥绝不会输给小智。小智询问她们是谁，那位女性解释说两位女生是正太的妹妹们，暂名为オオドリ（大鸟）和キャサリン（凯萨琳），而她自称是ヒトミ（小瞳）。接下来可想而知，小刚做出了他惯常的反应，而小胜则立刻扯走了小刚的耳朵。 之后，阿隆提议大家如何在植物园中打发时间，小瞳则打开笔记本电脑，尝试查询DNA神奇宝贝的资料。但出乎意料的是，并没有任何代欧的资料，正太催促她继续尝试（此时背景中的小卡比兽正在睡觉）。 小智注意到小超神情哀伤，便询问他发生了什么，在其他人的关心下，小超开始讲述他四年前的经历。小超仰望着正在激战的两只神奇宝贝，在全神贯注的众人（除了小卡比兽）面前说道，代欧是从宇宙来的。四年前，一颗陨石坠落地表，从中迸裂出被伦多博士命名为“代欧奇希斯”的神奇宝贝。由于它侵犯了裂空坐的大气层领域，两者之间爆发了大战。裂空坐之后用破坏死光精准地击碎了代欧，使其成为零星碎片。 阿隆对此表示怀疑并嗤之以鼻，正太则指责小超不要编故事欺骗他们，并质问为何代欧现在还活着。小超只能回答他也不知道。与此同时，在温室植物园的上空，代欧开始复制出自己的“影子代欧”分身。分身们一看到四处躲藏的惊恐市民，就立即冲下去，将市民掳走到不明地点。 在植物园中，小智一行借着小瞳的电脑收听广播。记者播报说拉鲁斯市现在被代欧形成的透明罩封锁，无法对外通行，影子代欧们仍持续掳走市民。小瞳关掉电脑，正太对此感到担忧，窗外的影子代欧不断逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然，一只分身冲破玻璃屋顶闯入，小超立刻呼喊大家逃离，但影子代欧已经迫近！正太叫出水箭龟用高压帮浦，然而对影子代欧毫无效果。正太对此感到困惑时，另一只影子代欧偷袭了正太和水箭龟，将他们从屋顶破洞掳走！ 阿隆愤怒地召唤火焰鸡使用火焰飞踢攻击，小智呼唤皮卡丘使用十万伏特，小瞳使巨金怪发动彗星拳，双胞胎召唤溜溜糖球和雨翅蛾使用泡沫光线。这些神奇宝贝在抵御影子代欧群时，小智催促大家尽快逃跑，阿隆询问小超是否知道紧急出口的位置。突然，小刚发现宝贝球无法打开，其他人也发现自己的无法使用。此时，影子代欧再次逼近小超，逼得他不得不继续寻找藏身之所。阿隆命令火焰鸡继续攻击影子代欧，并告诉大家不要管他，先行逃离。阿隆还请小遥照顾好他的两个妹妹，但小遥不愿意丢下阿隆。小刚焦急地试图叫醒倒头大睡的小卡比兽，而火焰鸡在使用上勾拳拖延时间，给了小遥她们逃向出口的时间。 小遥呼唤正在战斗的小智他们快来，但小智他们吩咐她们先行离开。忽然，小卡比兽打了个大呵欠，嘴里发出白光笼罩整个温室，竟然将所有影子代欧光分解掉！小智他们趁机逃向出口。 与此同时，在伦多博士的研究实验室里，伦多博士不省人事地躺着。助手春野持着电击棒，嘴里假惺惺地感谢伦多博士的努力为他提供了便利，幻想自己能从中获取暴利和权势，引领神奇宝贝界的革命。就在这时，敲门声吓了他一跳。原来是小超和一行人在外，小超向他们解释实验室建在植物园的底下。春野打开门让他们进去，但实验室内不见伦多博士的踪影。小超询问春野父亲的下落，春野谎称伦多博士出门找他了。小超担心外面危险，父亲是否安全，春野让小超不要过于担心。小智打算出去寻找博士，但阿隆提醒他不要贸然行动以免引发担忧。一行人因此待在一起等待伦多博士回来。 夜幕降临，仍然没有伦多博士的音讯。大鸟和凯萨琳叫又累又饿，阿隆只好劝她们安静再等一下。此时小卡比兽拿着三明治走向大鸟和凯萨琳，她们以为这好心的神奇宝贝给她们送食物，但小卡比兽当面吞掉了三明治！两个女生顿时大哭，小智决定出外找食物。阿隆仍然提醒小智外头危险，但这次小智毅然决然地离开，阿隆和其他人只好跟随。 在外面，可以看到影子代欧像巡逻队一样浮动。小智他们放低姿态以免被发现，一起计划如何寻找食物。当影子代欧暂时离开后，大家分头行动，而小智、皮卡丘和小刚发现了一台热狗贩卖机，却发现断电。小智让皮卡丘使用十万伏特，贩卖机在启动时播放音乐，热狗不断掉出，小刚他们尽量捡取。突然，小刚将小智压在地上，示意他不要出声，因为一群影子代欧正飘过。小智他们藏在贩卖机后面，但机器音乐仍在响！影子代欧听到音乐声逼近，小智他们以为死定了。正好在这时，小超和正、负电拍拍从另一头出现，完全没注意到影子代欧的存在。影子代欧立刻冲向小超，但正、负电拍拍合用电击保护小超。这时，一只影子代欧擒住负电拍拍和小超！小智奋不顾身地咬住影子代欧的手臂，小超得以逃脱。小智问小超是否无恙，皮卡丘则继续攻击其他影子代欧。但数量太多，小智催促大家赶快撤退，小超仍担心负电拍拍。小刚提醒他们先保自身安全，于是他们撤离现场。他们来到一间开窗的建筑，便翻窗躲入。影子代欧群飞临而过，幸好没发现他们。稍事休息后，小超发现正电拍拍沮丧，为了安慰它他尝试着去抚摸，然而童年阴影的反应让他无法真正做到，他只得和正电拍拍道歉。此时皮卡丘在建筑里找到一瓶水，令众人心情好转起来。他们费尽努力终于回到实验室，一边吃热狗一边称赞美味。 此时阿隆指着小瞳的电脑广播，告诉小智那些被影子代欧掳走的人（包括火箭队和可达鸭）都被带到不知名地点。小刚对这个地方感到疑惑，忽然听到伦多博士的声音！原来他从柜子中爬出，显然不知自己曾被电击昏迷。博士告诉大家，代欧在寻找它的朋友，询问大家春野在哪里。众人说春野已经离开，博士环顾四周，发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博士解释说那球体就是代欧奇希斯的另一体部分。接着博士透露原来球体就是代欧再生、复制的关键！小胜告诉众人春野带着球体离开，阿隆推测代欧是想找回球体而回应攻击的。突然，在植物园里的神秘光芒再次出现在小超面前，与他“交流”。小超向大家介绍这是他在植物园里认识的朋友，接着光芒形成另一只代欧奇希斯的影像。小超告诉父亲，球体可能还活着，他决定冲出去寻找，其他人紧跟其后。 此时，在拉鲁斯市的偏僻地点，春野携着一只箱子赶路。两只神奇宝贝的战斗引发的光束射向地面，导致他失去重心摔倒，箱子滚出去，水晶球体掉落。爆炸引发的碎石落向春野，把他掩埋。在空中，两只神奇宝贝激战，裂空坐开始紧缠住代欧，使其动弹不得。小超在光芒指引下跟随而去。他现在理解为何代欧奇希斯不愿孤独，感同身受地决定成为代欧的朋友。其他人同样愿意帮助小超停息裂空坐与代欧之间争斗。春野掙脱瓦砾，恼怒水晶球体带来他的麻烦。他站起重新搜寻水晶球体下落，并自信一定能找到。他按下遥控器按钮，激发水晶球体发出强光。裂空坐正缠住代欧，代欧垂首望见此地，愤怒浮现于脸。地上，光芒引导小超靠近水晶球体的发光处，小智激动表示找到了。阿隆对球体发光感到疑惑，大家蹲下来检视。春野欲拿球体时，影子代欧将他围住。阿隆认为影子代欧也是为了球体而来，小智则坚决表示，这一次，他们将帮助春野…！！