在被称为“夏亚的叛乱”的第二次新吉恩战争结束后，地球圈享受了短暂的和平。然而三年之后，也就是宇宙世纪0096年，一项秘密谈判在工业殖民地“工业7号”上展开。此次谈判涉及到一个被视为由地球联邦政府背后操控的“比斯特财团”，计划将最高机密的“拉普拉斯之箱”转交给新吉恩的残余势力“袖付”。与此同时，安纳海姆工业专门学校的学生巴纳吉·林克斯遇到了自称为奥黛丽·本的少女（她其实是旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）。奥黛丽试图阻止新的战争爆发，因此必须阻止“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在多次帮助奥黛丽后，渐渐对她产生了感情。这时，地球联邦察觉到了这起交易，并进行了军事干预，导致工业殖民地陷入火海。巴纳吉和他的伙伴一边逃避，一边寻找奥黛丽，而他遇到的则是比斯特财团的领袖卡迪阿斯·比斯特。重伤垂死的卡迪阿斯将巴纳吉的身世秘密告诉了他，并将“拉普拉斯之箱”的钥匙——“机动战士高达独角兽”交给他。于是，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争揭开了序幕……