宇宙殖民地的移民在经历了数百年的宇宙时代后，地球圈霸权的战争终于结束。人们本以为和平的时代即将到来，然而却面临着崩溃的危机。在A.G.（高级世代）101年，神秘的敌人（UE=未知敌人）突然袭击了宇宙殖民地“天使”，导致其毁灭。这场造成大量伤亡的悲剧后来被称为“天使的日落”。此后，UE对地球圈居民构成了长期威胁。到A.G.108年，与UE的战斗仍在继续，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击。居住在那里的7岁男孩弗里特·明日野在战火中失去了母亲。然而，母亲在临终时将家族世代相传的记忆单元“AGE装置”交给了他，其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图。弗里特继承了母亲的遗志，决心制造出高达。到了A.G.115年，14岁的弗里特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。在七年间，他与基地的工程师们不断研究，终于完成了高达。这台搭载“AGE系统”的高达能够自我进化。然而，危机时刻终于来临……UE的魔爪逼近了和平的殖民地“诺拉”。如今，弗里特驾驶着自己制造的高达，勇敢迎战。他能否战胜14年来无法战胜的可怕敌人UE？明日野家族历经三代人的“百年战争”由此展开……