拥有青色头发的男主角名为深井青（フカイ·アオ，这个名字在日语中有“深青”的含义），他是一名13岁的少年。青的父亲兰顿·萨斯顿（Renton Thurston、レントン·サーストン）下落不明，而他的母亲优莱卡（Eureka、エウレカ）在10年前被美军带走。由于继承了母亲的特殊基因，他能够看到人类肉眼无法看到的事物，比如粒径为20纳米的光粒子、红外线、紫外线等（但在外太空这种特殊能力会受到限制）。小时候，他与诊疗所的老医生深井敏夫一起生活，现在则在Generation Blue（蓝色世代）中。女主角名为阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一起长大的青梅竹马。娜露因为童年时的一次事故而觉醒了“ユタ”的力量（犹达是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称）。娜露拥有能够听懂珊瑚岩心声的特殊能力，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内生长，从某种程度上来说，她与珊瑚岩有部分融合，但正因如此，她自小身体虚弱，需要通过手上的吸氧器吸入氧气，现在与父亲、妹妹及祖母一起生活。本作的舞台设定在冲绳的磐户岛，当时的磐户岛正在进行自治权恢复运动，但某一天，岛上出现的珊瑚岩遭到宿敌白细胞G-Monster的攻击，为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster展开战斗的故事由此展开。