系列的第三部最终章，Netflix的大门开启，黄金的刻印划破星球。21世纪初，人类被哥斯拉夺走了地球，一部分人类被送往其他恒星系移居，但计划失败。失望地返回地球的人类，面对的是两万年后巨变的地球。所有动植物都拥有哥斯拉细胞，地球化作“怪兽行星”。在此君临的是身高超过300米的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。主人公晴男燃起讨伐哥斯拉的执念，与人类的后裔种族弗图亚相遇。在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，晴男等人发现仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉的残骸。他们利用构成残骸的纳米金属，启动武装要塞都市“机械哥斯拉都市”，向“哥斯拉·地球”发起挑战。在这一过程中，曾经共存的异星人种族之一比尔沙尔德与人类之间的裂痕逐渐显现。比尔沙尔德首领加尔格认为“若要打倒哥斯拉，就要成为超越‘人’的存在”，而晴男坚持“不可为了打倒怪兽而使自己也变成怪兽，应该作为‘人’将其战胜”的信念。最终，晴男放弃了打倒“哥斯拉·地球”的唯一机会，杀死了加尔格。另一方面，晴男的青梅竹马优子因比尔沙尔德进行的人体强制纳米金属化而陷入脑死状态。败北感和虚无感在人类之间蔓延。另一方的异星人，宗教种族埃克西弗的大司教梅特菲斯，将晴男从战斗中存活下来之事宣称为“奇迹”，并借此增加信徒。这是为了实现埃克西弗隐藏的“终极目的”。米亚娜和玛伊娜对埃克西弗保持警惕。此外，晴男也在自问自己作为“人”应该去做什么。不久，在无人能打倒“哥斯拉·地球”的地球上，覆盖着金色闪光的“基多拉”降临，震天动地的超次元战斗开始了。“哥斯拉”是什么？“人”应该去做的事情是什么？晴男眼中的未来又是如何？在最终章中，一切都将揭晓。