二十世纪的最后一个夏季，人类终于意识到他们并不是地球上唯一的主宰者。巨型生物「怪兽」以及驱逐它们的终极存在「哥斯拉」的出现改写了一切。与怪兽的漫长战争持续了整整半个世纪，人类屡次挫败，最终决定展开撤离地球的计划。2048年，通过中央政府下属的人工智能的精心挑选，部分人类登上了名为「阿拉特拉姆」号的跨星际移民飞船，目标是11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」。 然而，当人类花费20年后抵达那颗星球时，才发现它与地球的环境差异出乎意料，不适合人类居住。船上有位名叫晴雄的青年，他在4岁时，就亲眼见到父母被哥斯拉杀害。20年来，他一直渴望重返地球，彻底消灭哥斯拉。移民的希望破灭后，飞船上的生存状况日益恶化，以晴雄为核心的「重返地球派」占据主导地位，他们决定进行一次危险的长距离亚空间航行，以返回地球。 然而，地球经过2万年的演化，已经发展出以哥斯拉为顶点的生态系统，全然成为一个未知世界。最终，人类能否重新主宰地球？晴雄的命运又将如何发展？