背景设定围绕着一位名为土御门春虎的少年，他出生在声名显赫的土御门家。故事从一个男孩与女孩之间的约定开始，他曾对女孩承诺成为她的式神，永远在她身边保护她，而那时他还不明白“未来”意味着什么。在过去的大战中，日本帝国陆军企图将咒术应用于军中，他们重建了阴阳寮，并委任一位传说中阴阳师安倍晴明的后裔——土御门家的天才阴阳师土御门夜光来领导，成功地推动了日本咒术界的变革，被誉为现代咒术之父。然而，在战争末期，面临失败的帝国陆军要求夜光实施大规模的咒术仪式以扭转局势，然而仪式以失败告终。不仅此次施术让夜光殒命，还剧烈搅扰了东京的灵气，导致东京沦为妖魅横行的百鬼夜行之地。战后，阴阳寮被更名为阴阳厅，专责处理日本各地，尤其是东京的灵力灾害。 土御门春虎作为土御门家的一员，虽然出身阴阳师的名门，却天生对阴阳术毫无天赋，只能过着普通人的生活。某个夏季，春虎与童年玩伴——土御门家的下任继承者夏目，再次相遇。当年作出的承诺仿佛已经遗忘，如今的他们已走上不同的道路。但此次相遇后，土御门的命运之轮开始转动，逐渐引导着他走向那充满波折的未来。在黑暗中舞动的乌鸦们，跨越时空的阴阳幻影又将如何上演！