卡勒姆·林奇(由迈克尔·法斯宾德饰演)面临死刑的危急时刻被唤醒,发现自己被索菲娅(由玛丽昂·歌迪亚饰演)选中,参与一个旨在消除人类暴力倾向的计划。通过虚拟现实设备Animus,用户可以亲历祖先的记忆。连接到这台机器后,卡勒姆·林奇意识到自己是西班牙宗教裁判所时期一名刺客——阿圭拉的后人。在艾伦(由杰瑞米·艾恩斯饰演)的压力下,索菲娅不得不勉强引导卡勒姆·林奇探寻过去,以找到伊甸园苹果在现代的位置,那能够操控自由意志。然而,此举对他的身心健康构成威胁。与此同时,刺客同伴穆萨(由迈克尔·威廉姆斯饰演)提醒卡勒姆·林奇,警告他艾伦可能别有用心。随着疑虑的加深,卡勒姆·林奇开始重新审视自身的决策与动机,人类自由意志的未来因此陷入未知……
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