小智、小霞、小健和皮卡丘来到了橘子群岛，他们在旅途中遭遇了一场暴风雨，被吹到了亚西亚岛。在这个岛上，村民们正好在举办一个祭典。在祭典中，小智从芙萝拉的口中了解到一个古老的传说：“火之神、雷之神、冰之神不可轻易触碰，否则天地的愤怒将导致世界的毁灭。”然而，这时有人为了实现自己的目标，试图抓住洛奇亚，并不惜破坏这个古老的传说。 在祭典中，芙萝拉要求小智成为拯救世界的英雄，但这需要他收集三样宝物，这些宝物分别位于火之岛、雷之岛和冰之岛。小智在前往火之岛的途中，再次遭遇了一场暴风雨。此时，芙萝拉感到是她把小智置于危险之中，于是她、小霞和小健决定去寻找小智。 与此同时，小智和皮卡丘在火之岛准备离开时，遇到了火箭队。正当火箭队试图强行夺取皮卡丘时，芙萝拉一行人及时赶到。在芙萝拉与小智交谈时，闪电鸟突然出现在火之岛。当皮卡丘用电击与闪电鸟交流时，一个坏人突然出现，吸收了闪电鸟的能量，并抓走了闪电鸟，同时也将小智等人抓住。小智一行人的命运究竟如何呢？