故事的旁白从莱克斯·卢瑟开始，他描述了超人作为地球上的一种神祇，意图表现出他惊人的英雄事迹与伟岸的形象。然而，莱克斯固执地相信，“即使是神，也终有一死”。与此同时，露易丝·莲恩和超人在享受一场浪漫约会，但露易丝对他们隐秘的关系安排并不满意。超人坚持认为，他们的关系只能在孤独堡垒中秘密保持。虽然超人还没有向露易丝透露他的真实身份——克拉克·肯特，但露易丝已经开始产生怀疑。 在另一边，莱克斯的公司在挖掘出一艘飞船时意外释放了一个基因改造的可怕怪物——末日杀手。这头怪物将工人们屠杀殆尽，然后一路走向城市，所到之处生灵涂炭，无论是鹿、狗还是它们的主人都未能幸免。当末日杀手到达大都会时，超人意识到了威胁，并与之展开激烈的战斗。最后，超人全力以赴，抓住末日杀手从高空摔下与地面相撞。露易丝和他的同事吉米·奥尔森告诉已经受重伤的超人，他成功打败了敌人，但超人终因伤势过重而去世。全世界为这个殉难的英雄集体哀悼，并在公园里为他建立了一座纪念碑。 事后，莱克斯为了掩盖公司的秘密，开枪杀死了他的女助理，确保没人知道他的公司与末日杀手之间的关联。吉米对超人的死极为悲痛，意外转到其他报社工作。在超人逝世后，犯罪率急剧上升；玩具人操控着一只巨大的机械蜘蛛，劫持了满载儿童的校车并挟持至屋顶。露易丝决定勇敢救出人质，独自前往。然而，在危机时刻，超人及时出现并制伏玩具人。露易丝喜悦地亲吻了复活的超人。但此时，超人的养母玛莎感到困惑，为什么他没有打电话回家，而露易丝也觉得这位超人有些不对劲。 后来揭示，实际上复活的超人是莱克斯通过采集和克隆超人血液制造的，只听命于莱克斯。莱克斯利用红色阳光的房间和氪石手套对复仇超人进行击打，试图发泄愤怒。之后，他去查看私下挖出的真正的超人尸体。然而，真实的超人并未死，他被自己的机器人助手转移到孤独堡垒中以恢复。 复仇超人在看到玩具人逃狱后杀死一名4岁女孩的新闻后，性格变得阴郁，立即将玩具人处死。这一行为令周围的人感到不安，警方也开始追捕他，而露易丝相信此人不是真正的超人。随后，露易丝和吉米发现了莱克斯想要制造超人大军的计划。在莱克斯准备对两人痛下杀手时，复仇超人突然出现解救了他们，并摧毁了所有的超人克隆试管，因为他从体内移除了含铅氪石，莱克斯无法再控制他。 与此同时，真正的超人在机器人助手的帮助下逐渐恢复了力量，并在得知军队与复仇超人交战的消息后赶往现场。由于力量仅恢复六成，机器人为他穿上了黑色的太阳超人装，并交给他一把氪石枪。超人与复仇超人展开对决，战斗中氪石枪被打飞，露易丝捡起它准备射向复仇超人，却被他破坏了枪，但氪石容器意外滚落。最终，超人在被复仇超人打倒时，用热视线击碎了附在复仇超人胸口的氪石容器，释放大量氪气体，复仇超人就此败北。临终之际，他请求超人要保护人类。露易丝确证了面前这位是真正的超人，便与他深情一吻，赢得了大家的信任。 在露易丝的公寓里，超人注意到她的文章中“复活”一词拼写错误，随后戴上眼镜表明自己就是克拉克，露易丝为此激动地拥抱了他。 在莱克斯的公司里，经过与复仇超人的激战，莱克斯虽被重重打伤，却幸存了下来。他默念着，“历史已经证明，神可以死，但他们仍可从死亡中回归。”他对自己露出微笑，思索着下一次该如何摧毁超人。