在2002年,《X档案》事件发生六年后,前FBI特工丹娜·斯科莉(吉莲·安德森饰)转行成为一名教会医院的医生,而福克斯·穆德(大卫·杜楚尼饰)则选择了隐秘生活,投入到超自然现象的研究之中。一日,一位FBI探员找到了他们,请求他们的帮助。原因是,最近在维吉尼亚州连续出现多起女性神秘失踪案,其中还牵涉到一名联邦探员。由于神父约瑟夫(Billy Connolly饰)声称对犯罪现场有某种感知,FBI希望借助穆德和斯科莉的超自然案件侦办经验提供支持。然而,随着调查的深入,穆德和斯科莉意识到案件的核心比他们想象的更加黑暗。这对长期搭档面对着前所未有的挑战…… 这部影片是基于同名电视剧的第二部电影作品。
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