关于日本未来命运的御前会议中，各个与会者正在讨论一个名为“SIMPLE PLAN”的计划，其目标是猎杀SPEC持有者，同时还提到了神秘的法蒂玛第三预言。几天后，政府成员悄然执行该猎杀计划，却在游艇上全部意外死亡，尸体化为木乃伊。未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）接到指派负责调查此案。在此过程中，他们接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，前去支援时，碰巧遇见了濑文的旧识兼前女友青池里子（栗山千明 饰）。当他们把美玲带回未详系时，本已确认去世的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟然再次现身。在努力抑制左手的冲动时，当麻眼睁睁地看着美玲急忙留下“必须阻止法蒂玛第三预言”的信息后，被阳太带走。　　阳太的刻意挑拨导致普通人与SPEC持有者之间的矛盾愈发激烈。当麻在这双方之间进退两难，对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了疑惑。玛利亚、白衣教皇、持火之剑的左手天使……预言中举足轻重的角色若隐若现，黑暗的未来是否已不可避免？